在水質(zhì)檢測中，常使用電導和紫外檢測器測定飲用水中的陰、陽離子和消毒劑的副產(chǎn)物，
離子色譜儀因為可以同時分析多種離子化合物而被廣泛使用。例如高容量的陰離子分離柱，可在大量常見陰離子的存在下，一次進樣分離出多種含氧鹵素和其他的常見陰離子。為水質(zhì)檢測帶來更便捷的方法。
目前，無機陰離子是較成熟的離子色譜檢測方法，除此之外還有無機陽離子的檢測、有機陰離子和陽離子分析等。隨著離子色譜技術(shù)的發(fā)展，新的分離技術(shù)和分析設備已接連出現(xiàn)，只需很短的時間就可得到陰、陽離子以及樣品組成的全部信息，為民眾生活帶來了安全保障。同時，隨著對環(huán)境水質(zhì)的要求越來越高，離子色譜技術(shù)的應用也得到更多的推廣和運用，特別是在一些水質(zhì)安全情況較嚴重的地區(qū)，通過這一技術(shù)來分析水質(zhì)情況，可快速遏制不安全飲水現(xiàn)狀，進而為水質(zhì)檢測技術(shù)升級提供基礎。
在離子色譜產(chǎn)生初期，重要的應用是對環(huán)境樣品的分析。包括環(huán)境樣品中各種陰、陽離子的定性、定量分析。例如Cl- 、NO2-、Br- 、NO3-、PO43-、SO42-等陰離子和Li+ 、Na+ 、NH4+、K+、Mg2+ 、Ca2+ 等陽離子的測定。目前，我國各級環(huán)境監(jiān)測部門已廣泛將離子色譜法用于酸雨及濕沉降的測定。較其他方法，離子色譜法分析空氣污染物樣品中的陰、陽離子更簡單、準確。
另外，隨著離子色譜儀的不斷完善，其在環(huán)境領域中的應用范圍在逐漸擴大。除了分析常見陰，陽離子外，過渡金屬、極性有機物等污染物的分析測定也有大量數(shù)據(jù)報道。有專業(yè)人士綜述了近年來離子色譜在環(huán)境分析領域中的新式應用狀況。并對離子色譜在大氣、水、土壤、植物和沉積物等環(huán)境樣品中的應用及樣品前處理作了講解。據(jù)介紹，離子色譜對某些特定污染物價態(tài)分析中也具有突出的優(yōu)點。
在食品安全檢測中，離子色譜法同樣有其不可替代的分析作用。它能分離很多化學性質(zhì)相似的組份，又是測定糖類的一種靈敏、快速、準確的新方法。目前在食品分析領域，離子色譜分析對象多集中在陰離子方面。隨著脈沖積分安培檢測技術(shù)的完善以及分離柱的使用，被多應用于生物化學中糖類、氨基酸、纖維素、抗生素的有關(guān)物質(zhì)檢查、蛋白質(zhì)和多肽等大分子量化合物的分析。
值得一提的是，離子色譜法在我國食品安全檢測領域還有很大的研究空間。檢測技術(shù)的不斷改進，必將使離子色譜技術(shù)在食品分析領域發(fā)揮日益重要的作用。隨著聯(lián)用技術(shù)的發(fā)展，在檢測保健食品中非法添加的化學藥物、食品中的微量殘留的有害物質(zhì)、非法添加的有害添加劑等檢測領域有望取得更大突破。
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